Situado sobre el solar de la antigua cárcel de Badajoz, a su vez construida a mediados de los años 50 sobre el recinto de un antiguo baluarte militar, el llamado Fuerte de Pardaleras, levantado en el siglo XVII. La colección, exposiciones y actividades del Museo se orientan en función de su declarada vocación iberoamericana. Para la elaboración de proyecto museográfico se constituyó en 1994 una Comisión Asesora.