San Juan de los Reyes fue fundado en 1477 por los Reyes Católicos. La iglesia consta de nave única, con capillas entre los contrafuertes, y un magnífico cimborrio con bóveda de crucería sobre el crucero. Adosados a la iglesia se puede admirar el claustro y la sacristía.
La escalera, obra de Covarrubias, está situada en el ángulo nordeste del claustro. Es de estilo renacentista y en ella se pueden ver los escudos de Fernando e Isabel y del emperador Carlos V. La iglesia y el claustro del monasterio fueron declarados Monumento Nacional por Real Orden de 3 de julio de 1926.
El IPCE ha realizado diversas intervenciones en este monasterio desde el año 1990 por un importe total de 2,6 millones de euros.