Es el resultado de la fusión de diversos Museos Militares creados a lo largo del siglo XIX y principios del XX. Su núcleo fundacional está constituido por el de Artillería e Ingenieros. Tiene su sede en el Alcázar de Toledo, que se levanta en una de las colinas de la ciudad. El edificio es símbolo y testigo de algunos de los acontecimientos más destacados de la Historia de España. El Alcázar ha sobrevivido a distintos avatares, entre ellos tres incendios y un largo asedio, envites que lo dejarían mermado y maltrecho.