Situado en el el viejo solar del Convento de las Capuchinas y, en parte, el antiguo edificio del siglo XVIII hecho por Fernando Casas y Novoa, en el vértice norte del histórico barrio de Pescadería. En 1986 el Ministerio de Cultura encarga a Manuel Gallego Jorreto, que consiguió el premio Nacional de Arquitectura por dicho edificio, el proyecto y en 1989 comienza la construcción con la recuperación de parte del antiguo convento. Cuenta con más de 5000 metros cuadrados con todo el equipamiento necesario para la puesta en marcha de un proyecto museográfico moderno.