En 1601 Francisco Sánchez, carpintero de profesión, recibió en encargo por parte del Ayuntamiento de Alcalá de construir este Corral de Comedias en el espacio de la entonces llamada Plaza del Mercado.

Desde su apertura al público en 1602, siguió un proceso idéntico al de otros teatros europeos de la época: que fueron adecuándose a los tiempos con reformas estructurales acordes al estilo de los espectáculos a exhibir y a los usos sociales del público.

A su primera etapa como Corral de Comedias, pertenecen el patio empedrado, las gradas, aposentos, y la cazuela, esto es el espacio destinado al público femenino.

En el siglo XVIII se transformó en coliseo neoclásico, al techarse su patio mediante una cúpula sostenida por un meritorio entramado de vigas que mejoró la acústica y lo hizo un espacio ideal para el desarrollo de espectáculos de pequeño formato de canto y orquesta de cámara.

En el siglo XIX, su etapa romántica, fue cegada con una pintura sobre yeso la antigua techumbre y se construyeron los palcos distribuyéndolos en dos plantas en elipse alrededor del antiguo patio empedrado, que quedó así convertido en platea.

Finalmente, al principio del siglo XX, con la revolución cinematográfica, se instaló una pantalla de proyección para convertirlo en cine, y como tal mantuvo su existencia hasta los años 70 de dicho siglo.

Abandonado durante varias décadas al dejar de ser rentable como negocio, estuvo a punto de ser derruido, pero en los años 80 comenzó, con financiación institucional una lenta y rigurosa restauración que duró hasta el año 2003, en que el Corral de Comedias volvió a resurgir integrando armoniosamente en su arquitectura los tres estilos que marcaron toda su historia anterior.

Este espacio es hoy un teatro-museo vivo que, de la mano de la Consejería de Cultura y Deportes de la Comunidad de Madrid y del Ayuntamiento de Alcalá de Henares mira hacia el siglo XXI con la ilusión de seguir incorporando experiencias a sus ya cuatro siglos de historia.

Desde el 10 de enero del año 2005, a requerimiento de la Consejería de Cultura, la Fundación Teatro de La Abadía se ha hecho Cargo de la gestión y programación del Corral de Comedias de Alcalá de Henares, que abrió sus puertas a esta nueva etapa como espacio teatral con programación permanente con el concierto inaugural, celebrado el 2 de abril de 2005, «Músicas del Quijote» dirigido por Jordi Savall e interpretado por la Capella Reial de Catalunya, que contó con la asistencia de la Presidenta de la Comunidad de Madrid, Esperanza Aguirre, el Consejero de Cultura y Deportes, Santiago Fisas y el Alcalde de Alcalá de Henares, Bartolomé González.