Fue diseñado por el arquitecto Juan Navarro Baldeweg en el solar donde estuvo en siglos pasados el desaparecido convento de San Pablo de Burgos, de la orden de los dominicos. Se inauguró en 2010 y forma parte de la red de museos regionales de Castilla y León. Constituye la pieza central del Complejo de la Evolución Humana. Arquitectónicamente, el museo ha recibido más de 40 premios nacionales e internacionales. Fue integrado en la declaración de los yacimientos de Atapuerca como Patrimonio de la Humanidad en 2015, cuando se catalogaron por la UNESCO como «lugar de valor universal excepcional»..4