La colección fundacional estaba integrada por los hallazgos encontrados en las excavaciones de Itálica, reunidos hacia 1780 por D. Francisco de Bruna en la galería de acceso a los Reales Alcázares. Su primera sede fue el mismo Alcázar, pero a partir de 1875 la colección se trasladó al antiguo Convento de la Merced, donde también se albergaba el Museo de Pinturas. En 1946 se trasladó al Pabellón de Bellas Artes de la Exposición Iberoamericana de 1929, construido por Aníbal González en el Parque de María Luisa.