Con sus más de 175 años, se remonta a una pequeña colección de carácter local que, debido a la importancia del yacimiento emeritense, fue creciendo hasta elevarse a la categoría de nacional y lograr alojarse en un edificio de nueva planta. Su contenido y actividades orbitan en torno al periodo romano, en el que se centra la exposición permanente. Pero también está marcado por el peso del papel de Mérida a finales de la Antigüedad, en que ocupó el papel de primera capital de España, así como durante la etapa visigoda y los comienzos de la Edad Media. Consta de dos sedes: la principal, consistente en el edificio de Moneo y la Iglesia de Santa Clara.