Integrados en un Conjunto de Interés Histórico-Artístico, los Molinos del Río Segura fueron rehabilitados por convenio suscrito en diciembre de 1985 entre el Ayuntamiento de Murcia, la Dirección General de Arquitectura y Vivienda del Ministerio de Obras Públicas y Urbanismo y la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia.

El objetivo que se emprendió entonces fue el de convertir los antiguos molinos harineros en un Centro Cultural y Museo Hidráulico. El proyecto se encargó al arquitecto Juan Navarro Baldeweg, cuya propuesta se basó en la devolución al aspecto más genuino y antiguo de los molinos, garantizando la conservación de un monumento y de unas piezas muy singulares del patrimonio arqueológico industrial.